La storia di San Juancito è indissolubilmente legata alla ricchezza minerale delle montagne in cui sorge.
Prima dell'arrivo degli spagnoli, i discendenti del popolo Tolupan / Jicaque oggi hanno sfruttato, su piccola scala, i minerali della regione. Nel 16 ° secolo, gli spagnoli fecero un breve tentativo di estrarre il minerale dalle montagne della zona. Usando la popolazione indigena come manodopera, procedettero ad estrarre oro e argento dal fianco della montagna; Tuttavia, dopo alcuni anni, la popolazione indigena fu così devastata da malattie abissali e condizioni di lavoro che gli spagnoli, senza una fonte affidabile di lavoro, si impacchettarono e si trasferirono in altri siti apparentemente più praticabili in Honduras.