Il Museo del Genocidio (S-21) fungeva da snodo centrale di un vasto sistema carcerario in tutto il paese e fu utilizzato per tutto il periodo come struttura segreta per la detenzione, l'interrogatorio, la tortura e lo sterminio di coloro che erano considerati “nemici politici” del regime. A causa di una politica di colpevolezza per associazione, a volte intere famiglie venivano detenute nel centro. Pochissimi detenuti furono rilasciati dalla prigione durante gli anni 1975 e 1979. Solo 12 ex detenuti sopravvissero all'apertura dell'S-21 quando Phnom Penh fu liberata. Quattro di loro erano bambini.
Killing Field tra il 1975 e il 1979 dai Khmer rossi per aver perpetrato il genocidio cambogiano. Situato a circa 17 chilometri (11 miglia) a sud del centro della città, era annesso al centro di detenzione di Tuol Sleng. I corpi di 8.895 vittime furono riesumati dal sito dopo la caduta dei Rossi, che sarebbero stati giustiziati lì - in genere con picconi per conservare i proiettili - prima di essere sepolti in fosse comuni.