La storia di questa chiesa è fondamentale per lo sviluppo della città di Alcalá, a cui si aggiunge la tutela garantita dagli arcivescovi di Toledo in quanto luogo sacro. Sul sito dell'antico martyrium è stata costruita una chiesa. Fu ricostruita da Rodrigo Jiménez de Rada, l’artefice della costruzione della Cattedrale di Toledo, e divenne nota come Cappella degli Arcivescovi. Fu poi ampliata dall’arcivescovo García Gudiel nel 1290. Su richiesta dell’arcivescovo Carrillo, nel 1477 fu elevata al rango di chiesa collegiata con una bolla emanata da papa Sisto IV.

Il grande cardinale spagnolo Pedro González de Mendoza portò il Rinascimento in questa chiesa e, in Castiglia, un’apertura verso nuove correnti di pensiero. Fu proprio in quel periodo, il 15 dicembre 1485, che la regina Isabella I di Castiglia diede alla luce ad Alcalá l’infanta Caterina — la futura Caterina d’Aragona — che fu battezzata otto giorni dopo nella Chiesa Collegiata (diventata cattedrale nel 1991) dallo stesso cardinale Mendoza. I Re Cattolici, Ferdinando e Isabella, e i loro figli — il principe Juan, che allora aveva sette anni, e le infante Juana, Isabel e María — hanno partecipato al battesimo.

Il monastero di San Bernardo, uno dei complessi monastici più importanti del XVII secolo ad Alcalá de Henares, fu fondato dal cardinale arcivescovo di Toledo, Bernardo de Sandoval y Rojas.

L'interno è sorprendente, in netto contrasto con l'austera facciata a tendina, con la sua pianta ovale e la magnifica cupola ovale che la sovrasta, la più grande del suo genere in Spagna.

L'edificio è opera dell'architetto Juan Gómez de Mora, il più importante maestro della sua epoca. Juan Gómez de Mora era legato all’architettura reale di Filippo II grazie alla sua famiglia e alla sua formazione, anche se la sua opera si sviluppò principalmente durante i regni di Filippo III e Filippo IV.

Durante la costruzione di questa chiesa, Juan Gómez de Mora ha alternato questo lavoro a progetti reali, come la sua partecipazione alla realizzazione del Pantheon del Monastero dell’Escorial e del Collegio Reale della Compagnia di Gesù a Salamanca.

La chiesa prende a modello la chiesa romana di Sant'Anna dei Palafrenieri, progettata da Vignola, che a sua volta si ispira al “Trattato di architettura” di Serlio.