Passeggiando per le strette e sterrate strade di Bagamoyo si ritorna alla metà del XIX secolo, quando la città era uno degli insediamenti più importanti lungo la costa africana orientale e il capolinea della rotta della carovana commerciale che collegava il lago Tanganica al mare. Schiavi, avori, sale e copra furono scaricati qui prima di essere spediti nell'isola di Zanzibar e altrove, e molti esploratori europei, tra cui Richard Burton, Henry Morton Stanley e David Livingstone, iniziarono e finirono i loro viaggi qui. Nel 1868 i missionari francesi fondarono il Villaggio della Libertà a Bagamoyo come rifugio per gli schiavi riscattati, e per il resto del secolo la città servì come stazione di riferimento per i missionari che viaggiavano dall'isola di Zanzibar verso l'interno.