San Miguel el Grande fu fondata nel 1542 tra gli indiani Purepecha e Guamares come missione. La sua prosperità è arrivata nel giro di pochi anni, essendo un punto fondamentale sulle rotte tra le città minerarie e la capitale della Nuova Spagna. Molti dei suoi edifici principali sono stati costruiti nel XVIII secolo, il suo periodo di massimo splendore. Nello stesso periodo (1740-1776) fu eretto anche l'incredibile santuario di Atotonilco, da cui deriva l'intensa atmosfera barocca di entrambi i complessi.