La riserva acquatica della laguna delle zanzare si trova nella Florida centro-orientale nella contea meridionale di Volusia a sud dell'insenatura di Ponce de Leon. È adiacente a due comuni incorporati - New Smyrna Beach e Edgewater - e 50 miglia a nord-est di Orlando. La Mosquito Lagoon fa parte del sistema Indian River Lagoon (IRL), una lunga, ampia e poco profonda laguna di estuari delimitata a ovest dalla terraferma della Florida e a est da una catena di isole barriera. La Mosquito Lagoon Aquatic Preserve si trova nel sottobacino più settentrionale del sistema IRL ed è un tipo di estuario costruito a barre. Il sistema IRL si estende per 156 miglia dall'insenatura di Ponce de Leon all'estremità settentrionale all'insenatura di Giove all'estremità meridionale. È la casa di delfini naso a bottiglia, tartarughe marine, lamantini, una varietà di specie ittiche, alligatori e uccelli. Inoltre, supporta l'estensione più settentrionale di habitat di mangrovie rosse e nere, habitat di paludi basse e paludi alte, ostriche estese e piane di marea.