Anche se Zapotitlán Lagunas è una destinazione bellissima tutto l'anno, il periodo migliore per visitarla è durante la stagione secca, da novembre ad aprile.
Durante questi mesi, il clima è piacevole e soleggiato con precipitazioni minime, rendendolo ideale per esplorare la bellezza naturale della regione e le attività all'aperto. Le temperature diurne sono confortevoli, generalmente tra i 20°C e i 28°C, e le serate sono miti. Questo periodo è eccellente per i viaggiatori che amano le escursioni, il birdwatching o semplicemente rilassarsi presso le lagune senza l'interruzione di forti piogge.
I mesi di spalla di maggio e ottobre possono essere anche una buona opzione per coloro che desiderano evitare l'alta stagione turistica. Sebbene possano esserci occasionali acquazzoni, specialmente nel tardo pomeriggio, le temperature sono ancora calde e i paesaggi sono rigogliosi e verdi dopo la stagione delle piogge.